그동안 업종별로 할당되던 한,일 EEZ내 어획량이 내년부터는 어종별로 배정된다.해양수산부에 따르면 지난 2002년 12월 제5차 한,일 어업공동위원회에서 2005년부터 어종별 어획할당제를 시행키로 합의한 것에 따라 어종별 할당제 시행을 위해 양측이 할당 대상 어종을 선정, 협상을 벌이고 있다.이에 한국측은 붕장어, 갈치, 오징어류, 복어류, 가지미류 등 일본측이 특별히 자원관리를 요구할 것으로 예상되는 품목과 함께 꽁치, 고등어, 전갱이, 정어리, 돔류 등 15개를 어종별 할당대상으로 정했다.반면 일본은 꽁치, 정어리, 돔류, 갈치, 복어류, 오징어류, 가자미류, 고등어류, 전갱이류, 삼치, 옥돔류, 말쥐치, 샛멸, 참조기, 보구치, 매퉁이류, 병어류 등 17개 어종을 제시, 막판 협상을 진행중에 있다.어종별 할당제가 시행되면 어선별로 배정된 할당량 범위 내에서 어종구분 없이 어획하던 것이 어종별 범위내에서만 어획이 가능하고 동일 업종간 동일어종에 한해서만 전배가 가능해진다.또 어획량은 조업일지에 기록된 어종별 어획량과 어창에 적재된 어종별 어획량과 일치여부를 대조해 확인하게 된다
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